La diferencia fundamental entre un troyano y un virus consiste en su finalidad. Para que un programa sea un "troyano" sólo tiene que acceder y controlar la máquina anfitriona sin ser advertido, normalmente bajo una apariencia inocua. Al contrario que un virus, que es un huésped destructivo, el troyano no necesariamente provoca daños porque no es su objetivo.
El término viene de la historia del Caballo de Troya en la mitología griega.Es mencionado en la Odisea de Homero.
Bajo las instrucciones de Odiseo, el caballo fue construido por Epeo el feocio, el mejor carpintero del campamento. Tenía una escotilla escondida en el flanco derecho y en el izquierdo tenía grabada la frase: «Con la agradecida esperanza de un retorno seguro a sus casas después de una ausencia de nueve años, los griegos dedican esta ofrenda a Atenea».
Los troyanos, grandes creyentes en los dioses, cayeron en el engaño. Lo aceptaron para ofrendarlo a los dioses, ignorando que era un ardid de los griegos para traspasar sus murallas. Dentro del caballo se escondía un selecto grupo de soldados. El caballo era de tal tamaño que los troyanos tuvieron que derribar parte de los muros de su ciudad. Una vez introducido el caballo en Troya, los soldados ocultos en él abrieron las puertas de la ciudad, tras lo cual la fuerza invasora entró y la destruyó.
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